A genome-wide association study (GWAS) for pH value in the meat of Berkshire pigs

Jun Park; Sang-Min Lee; Ja-Yeon Park; Chong-Sam Na

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자료유형: 학술저널

저자정보: Jun Park (Jeonbuk National University) Sang-Min Lee (Jeonbuk National University) Ja-Yeon Park (Jeonbuk National University) Chong-Sam Na (Chonbuk National University Korea)

저널정보: 한국축산학회(구 한국동물자원과학회) 한국축산학회지 한국축산학회지 제63권 제1호

발행연도: 2021.1

수록면: 25 - 35 (11page)

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The purpose of this study is to estimate the single nucleotide polymorphism (SNP) effect for pH values affecting Berkshire meat quality. A total of 39,603 SNPs from 1,978 heads after quality control and 882 pH values were used estimate SNP effect by single step genomic best linear unbiased prediction (ssGBLUP) method. The average physical distance between adjacent SNP pairs was 61.7kbp and the number and proportion of SNPs whose minor allele frequency was below 10% were 9,573 and 24.2%, respectively. The average of observed heterozygosity and polymorphic information content was 0.32 ± 0.16 and 0.26 ± 0.11, respectively and the estimate for average linkage disequilibrium was 0.40. The heritability of pH45m and pH24h were 0.10 and 0.15 respectively. SNPs with an absolute value more than 4 standard deviations from the mean were selected as threshold markers, among the selected SNPs, protein-coding genes of pH45m and pH24h were detected in 6 and 4 SNPs, respectively. The distribution of coding genes <RFX8, CREG2, TBC1D8, EXOC6B> were detected at pH45m and <C12orf49, LOC106506010, BICC1, ANK3> were detected at pH24h.

#Berkshire #pH value #Heritability #Linkage disequilibrium #Genome-wide assocition study

참고문헌 (23)

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Huff-Lonergan E / 2002 / Correlations among selected pork quality traits / J Anim Sci 80:617~627

Choi YI / 2000 / Carcass and pork quality characteristics by sex and marketing day / Korean J Anim Sci 42:933~940

이제룡 / 2004 / 버크셔의 출하체중과 성별에 따른 도체 및 돈육의 물리적 특성 비교 / 한국축산식품학회지 24(2):108~114

하경희 / 2007 / 성별에 따른 버크셔 돈육의 일반성분 및 이화학적 특성 / 한국축산식품학회지 27(2):137~141

박범영 / 2010 / 버크셔 계통조성돈의 육질 특성비교 / 한국축산식품학회지 30(5):867~871

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